相比轉子主動平衡，從軸承或電機角度進行電主軸振動主動控制更加復雜和困難。

    從軸承角度，采用調節軸承預緊或新型磁懸浮軸承可實現系統動態特性調節。技術人員采用壓電疊堆作用于角接觸球軸承外圈對主軸振動特性進行干預，基于線性二次型控制設計了反饋控制律，仿真證明了該方法在電主軸振動控制中效果明顯。還有工作人員在傳統磁懸浮電主軸零偏置電流控制基礎上提出了基于多頻率陷波器的不平衡抑制策略，實驗證明了該方法能有效抑制轉子同倍頻振動。

    從電機角度，通過增加新繞組或主動阻尼器可產生附加電磁場以調節主軸系統振動特性。有專家提出了內置力執行器的砂輪-電主軸不平衡振動主動控制方案，通過在原電主軸定子中增加一組繞組形成雙繞組無軸承感應電機，仿真和實驗證明了該方案能有效提高銑削穩定區域并抑制顫振。有專家設計了電主軸用比例-微分控制線性電磁阻尼作動器，裝于主軸刀具端，通過阻尼器附加磁場調節電主軸系統阻尼，以控制銑削過程中主軸顫振。